A detecção de OGMs pode ser realizada sob diferentes perspectivas: a nível das alterações fenotípicas decorrentes da modificação; a nível das proteínas transgênicas expressas ou das moléculas de RNA mensageiro transcritas; ou pela detecção direta da alteração genética na molécula de DNA, por meio da técnica de Reação da Polimerase em Cadeia (PCR).
A AgroGenética faz uso da detecção a nível de DNA. Por meio das metodologias utilizadas é possível detectar a presença de OGMs por meio de um screening geral de elementos regulatórios comumente utilizados nas construções transgênicas, tais como promotores e terminadores específicos, ou ainda pela identificação inequívoca de qual evento transgênico encontra-se presente na amostra, por meio de análises evento-específico. Para assegurar a veracidade dos resultados gerados, são usados vários tipos de controles positivos e negativos em todas as etapas do ensaio, de modo a evitar a liberação de resultados falso-positivos e falso-negativos e garantir a qualidade da análise realizada. O tipo de análise mais adequada depende do interesse do cliente.