Para a quantificação de OGM em alimentos utiliza-se a técnica de PCR Quantitativo em Tempo Real, baseada no método TaqMan®, o qual utiliza primers e sondas marcadas com fluoróforos específicos para amplificar uma sequência de DNA do promotor 35S, presente na maioria dos OGMs comercializados até o momento. O procedimento é extremamente preciso devido à perfeita complementaridade entre os primers e as sondas, e as sequências alvo de DNA que estão sendo amplificadas. A fluorescência liberada durante a reação é lida pelo sistema de detecção do equipamento e os dados gerados são analisados eletronicamente.
O percentual de OGM de determinado produto é baseado em uma curva padrão construída com padrões certificados de referência que contém de 0,1% a 5,0% de OGM. Em todas as reações são utilizados controles que permitem monitorar possíveis contaminações durante o processo de extração de DNA e preparo da reação de PCR.